Le Congrès du Syndicat de Champlain, instance démocratique décisionnelle qui gouverne le Syndicat, la Constitution et Règlement et adopte les orientations de l’organisation, se réunit tous les trois ans.

Les personnes occupant les postes à la présidence, au secrétariat-trésorerie et à la coordination sont élues par le Congrès et elles siègent d’office au Conseil d’administration.

Le Conseil d’administration dirige le Syndicat, met notamment en œuvre les décisions du Congrès et administre financièrement l’organisation entre les instances du Congrès. Les personnes représentant les différentes sections du Syndicat sont élues par les membres en assemblée générale de section.